En los últimos veinte años, los países de América Latina y el Caribe (ALC) han logrado importantes avances en el fortalecimiento de sus sistemas de investigación, y la Política de investigación para la salud de la Organización Panamericana de la Salud (OPS) ha sido fundamental en ese sentido. Las agendas de investigación han surgido como un mecanismo clave para vincular las prioridades de las políticas nacionales con la producción de evidencia que sea pertinente y oportuna, y que esté en consonancia con dichas prioridades nacionales en materia de salud. En este artículo se explora el papel estratégico de las agendas de investigación en salud para orientar la generación de evidencia hacia las necesidades de la toma de decisiones. Sobre la base de algunos ejercicios recientes llevados a cabo en ALC, como el programa regional de investigación en salud sobre el virus del Oropouche y la agenda de investigación de la Caja Costarricense de Seguro Social (CCSS), en este artículo se destacan tanto los avances como los desafíos que subsisten en este proceso. Una contribución fundamental de estos dos ejemplos es la introducción de la herramienta Matching Q-M, un recurso de apoyo para la toma de decisiones que ayuda a transformar los temas pertinentes para las políticas en preguntas de investigación bien formuladas y a vincularlas con los enfoques metodológicos apropiados para abordarlas. Al mejorar la comunicación entre los responsables de las políticas y los investigadores, el potencial de las agendas de investigación como base para realizar estudios pertinentes, factibles y que respondan a la demanda puede ayudar a institucionalizar y consolidar el papel de la investigación como un factor estratégico que impulse la equidad en la salud y la mejora del sistema. En una región donde la comunidad investigadora ha aportado muchas contribuciones perdurables, las agendas nacionales de investigación pueden sentar las bases para lograr sistemas de salud más resilientes, resolutivos y basados en la evidencia.