Los objetivos de este artículo son describir las características del abordaje de vinculación de bases de datos administrativos y sus usos en investigación en salud pública, y discutir las potencialidades y retos para su implementación en Ecuador. La vinculación de bases de datos permite integrar datos de una misma persona dispersos en distintos subsectores como salud, educación, justicia, inmigración y programas sociales, y posibilita investigaciones que informen una gestión más eficiente de programas y políticas sociales y de salud. Las principales ventajas del uso de bases de datos relacionadas son la diversidad de datos, la cobertura poblacional, la estabilidad temporal y el costo menor en comparación con la recolección de datos primarios. A pesar de la disponibilidad de herramientas para procesar, vincular y analizar grandes conjuntos de datos, el uso de este abordaje es mínimo en los países de América Latina. Ecuador tiene un alto potencial para explotar este abordaje, debido a la obligatoriedad del uso de un identificador único en la prestación de servicios de salud, que permite la vinculación con otros sistemas de información nacionales. Sin embargo, enfrenta una serie de retos técnicos, ético-legales, culturales y políticos. Para aprovechar su potencial, Ecuador necesita desarrollar una estrategia de gobernanza de datos que incluya normativas de acceso y uso de los datos, de manera simultánea con mecanismos de control y calidad de los datos, una mayor inversión en formación profesional en el uso de los datos dentro y fuera del sector salud, y colaboraciones entre entidades gubernamentales, universidades y organizaciones de la sociedad civil.
