Cada vez es más frecuente que la puesta en común de datos sirva de base para la investigación colaborativa destinada a abordar problemas complejos de salud pública, a nivel tanto regional como mundial. Los avances realizados en las herramientas analíticas, entre las que se encuentra el aprendizaje automático, han ampliado los posibles beneficios derivados de los grandes repositorios mundiales de datos de libre acceso. La participación en iniciativas de colaboración basadas en datos de libre acceso ofrece a los investigadores del Caribe la oportunidad de mejorar la salud de la población de la región por medio de la ciencia y las políticas basadas en la puesta en común de datos. Sin embargo, hay desafíos éticos que dificultan estos esfuerzos. En este artículo se analizan los principales desafíos que, si no se afrontan desde una perspectiva estratégica, podrían obstaculizar el progreso. Entre ellos se encuentran las dinámicas de poder entre los financiadores y los investigadores de los países de ingresos altos y las partes interesadas del Caribe; la investigación y la equidad en la salud; las amenazas a la intimidad; y el riesgo de estigmatización. Estos desafíos pueden verse acentuados por las limitaciones de recursos e infraestructura que suelen darse en los pequeños Estados insulares en desarrollo (PEID) y en los países de ingresos bajos y medianos. Se propone un marco para salvaguardar la puesta en común de datos de salud e investigación mediante la promoción de la equidad (SHARE, por su sigla en inglés) para los investigadores y las comunidades del Caribe que participan en la ciencia basada en datos de libre acceso. El uso del marco SHARE puede apoyar los trabajos de interés regional y dotados de una perspectiva cultural que están en curso, así como contribuir al desarrollo de la capacidad para poner en común y reutilizar de manera deliberada los datos de salud del Caribe.