En el 2015, Brasil enfrentó una epidemia de infección por el virus del Zika que se propagó por varios países del mundo. Posteriormente, se divulgaron recomendaciones acerca de los criterios de notificación de casos del síndrome congénito por el virus del Zika (SCZ) por medio de protocolos. Los cambios frecuentes de esas recomendaciones podrían haber afectado el manejo clínico y el acceso al apoyo posterior al diagnóstico de los niños afectados, pero no identificados. En el presente estudio, se reclasificó el diagnóstico de 39 casos del SCZ notificados en el estado de Espírito Santo en el período 2015-2016, de acuerdo con el protocolo vigente en la actualidad, que es distinto del que regía en el 2015. Por causa de la reclasificación, se confirmaron únicamente ocho de los 36 casos, con observancia del criterio de dos o más signos o síntomas del SCZ acompañados o no de microcefalia y con confirmación serológica. Además, por la disminución del perímetro cefálico que define la microcefalia, 17 casos no correspondieron a esa afección. A pesar de que en el protocolo vigente no se utiliza solamente el perímetro cefálico como criterio para la notificación y confirmación del SCZ, cabe resaltar que este hallazgo es, con todo, la mayor señal para los equipos de salud, puesto que indica un riesgo de falta de detección temprana del SCZ. Convendría examinar los casos “descartados” en el momento de la transición entre protocolos, con el fin de determinar si se clasificaron correctamente.