Nuestro objetivo fue evaluar el modo en el que las medidas de control aplicadas durante la pandemia de enfermedad por el coronavirus del 2019 (COVID-19) afectaron la salud metabólica de las personas con enfermedades no transmisibles cuando las restricciones estrictas de movilidad y la preocupación respecto a la seguridad impidieron el uso de los métodos tradicionales de recopilación de datos de salud. Para seleccionar a las personas participantes en el estudio, utilizamos bases de datos de laboratorios hospitalarios de Barbados, Jamaica, y Trinidad y Tabago. Contactamos con las personas participantes por teléfono para recabar su consentimiento verbal para completar un cuestionario y su permiso para obtener información sobre su salud (presión arterial y datos antropométricos) a partir de las historias clínicas. En este artículo describimos los desafíos que comportó la recopilación de datos procedentes de los sistemas hospitalarios para realizar esta investigación durante la pandemia de COVID-19. Solo uno de los cuatro hospitales seleccionados disponía de personal especializado en tecnología de la información que podía acceder a los sistemas de datos de laboratorio para el muestreo. Cuando se obtuvieron datos de laboratorio a través del proveedor comercial, la falta de un número único de identificación dificultó la vinculación de estos informes con las historias clínicas en las que constaba la información de contacto. La falta de actualización de la información de contacto telefónica limitó nuestra capacidad para incluir a posibles participantes seleccionados con este método. Tres de los cuatro hospitales utilizaban registros en papel que requerían el examen manual de la historia clínica. No había un registro uniforme de los datos biomédicos en el resumen de las historias clínicas. A medida que se levantaron las restricciones, recurrimos a métodos tradicionales de selección para completar la recopilación de datos. El fortalecimiento de la recopilación sistemática de datos y la implementación de sistemas de datos electrónicos estandarizados y accesibles son esenciales para obtener datos de salud útiles en el Caribe.